由人工河道和部分河流、湖泊共同组成的京杭大运河，全程连接了海河、黄河、淮河、长江、钱塘江五大水系，纵贯华北平原、淮海平原和杭嘉湖平原，构成了一个十分庞大的水网体系。在至今依旧通航的一些河段，超负荷航运已严重损害了运河的生态功能和环境风貌。另外，一些沿河城镇无序开发也造成了运河文化的永久缺憾。沿河文物古迹损毁、自然人文景观严重破坏的案例时有出现。一些学者曾经指出，运河人文资源的破坏，也将直接导致沿河地方戏曲、民间传说、民风、民居、民俗等非物质文化遗产巨大社会价值的逐步丧失。
2002年初，杭州市作出了实施运河(杭州段)综合整治与保护开发工程的决策，提出了“还河于民、申报世遗、打造世界级旅游产品”的三大目标，6年来，通过运河综合整治与保护开发一期、二期工程，取得了阶段性成果。
2006年，杭州市委书记王国平在京杭大运河保护与申遗研讨会上说，“杭州，因运河而名扬四海，因运河而贵为繁华古都，因运河而成为国家级历史文化名城。未来的杭州，要建设国际风景旅游城市，打造东方休闲之都，同样离不开对运河的综合保护。”
综合治理使水质明显改善
杭州的百姓都知道，城内最高最长的一座石拱桥叫做拱宸桥，而京杭大运河就从桥下流过。拱宸桥横跨京杭大运河，是古运河南端起点的标志。
“以前我就住桥西。”在拱宸桥边的凉亭里坐着的一位李大爷告诉记者，“前两年运河水发臭，我老伴不愿意住河边。后来政府搞拆迁，我们就搬到儿子家住了。现在政府重修了老房子，新栽了很多树，河里的水也很少发臭了。我现在常回来转转，跟老邻居们聊聊天。”
据杭州市京杭运河（杭州段）综合保护委员会副主任朱坚白介绍，杭州市区内有11公里的古运河，运河整治一期工程在2006年已经竣工，运河整治工程得到市民和游客的充分肯定。
杭州市环境保护局副局长楼炳文告诉记者，由于运河在杭州的河网中水位最低，所有连接运河的支流都对运河的水质产生影响。因此改善运河水质最大的问题就是要改善整个城市支流的水质。目前，主要采取引钱塘江水来稀释运河的办法来提升运河的水质。主城区这一段运河的水质已经基本甩掉“劣五类”的帽子。运河、内河河道由两个管理中心分别管理，河道目前正在实施的五年整治计划，将力争在3年内完成，与运河的整治相对接。290多条内河如果全部整治完毕，运河的水质还将会有大幅的提升。
杭州市环境监测中心的检测数据表明，2007年运河干流各断面水质指标年均值比2006年都有一定程度的好转。特别是引水工程实施以后，在对运河干流的24次检测中，不少检测点的运河水质改善明显。
在开发中保护历史人文景观
小河直街位于古运河的一条干流边。许多杭州老人都记得这条街口的一个店面——永达五金店，如今这个店有了另一个称呼——“姚宅”。“姚宅”成为了杭州市的历史街区保护建筑。“姚宅”的主人姚桐腾告诉记者，他今年61岁了，一直住在小河直街，“以前老街的居住环境很差，现在政府将这片老街保护起来。”
据介绍，小河直街历史保护街区经过整治，居住功能明显改善、生活环境得到优化、建筑风格得以延续。
全国政协副主席、中国工程院院长徐匡迪曾说：“要注重深入挖掘运河文化丰富的内涵，不要将运河文化简单化、商品化；注重保持运河文化的真实性和完整性，不要随意‘打造’运河文化。”朱坚白说，杭州市对运河的综合整治和开发保护将坚决避免为了“申遗”而制造假古董、假风貌的做法。
朱坚白告诉记者，杭州市在对历史街区和建筑保护的时候，按照“保存历史真实性、凸现风貌完整性、体现生活延续性、显现人文自然融合性”的原则，收到了很好的效果。
杭州市统计局民情民意调查办公室在2008年1月发布的一份调查报告显示，99.4%的被调查对象认为运河二期首批历史人文景观综合治理和保护“很好”和“较好”。其中，小河直街历史保护区在被调查的15个历史人文景观中认可率和满意度值双重最高。
“两块牌子、一套班子”创新运作模式
据介绍，杭州市对运河综合保护的运作模式进行了大胆创新。杭州市组建了杭州市运河（杭州段）综合保护委员会（原名：市运河指挥部），与市运河（杭州段）综合整治与保护开发领导小组办公室合署办公；同时成立了一个国有独资企业——杭州市运河集团，与市运河综保委“两块牌子、一套班子”。
朱坚白说，作为承担部分行政职能的事业单位，杭州市运河综保委负责对运河综合保护实行统一规划、统一协调、统一筹资，组织实施部分重点项目；作为国有独资企业，市运河集团是运河综合保护的投融资主体，主要职责是通过市场化运作，搞好招商引资，吸引社会资金，为运河综合保护提供资金保障。
据了解，与运河综合保护直接相关的下城、拱墅、江干3个城区和市交通局还分别成立分指挥部，承担征地拆迁和部分重大项目建设任务。
杭州市环境保护局副局长楼炳文认为，这一体制的最大特点，就是实现了政府主导力、企业主体力和市场配置力的“三力合一”，调动了市、区、部门多个积极性。搞好运河综合保护，关键是要解决好“钱从哪里来、地从哪里来、人往哪里去”三大问题，核心是解决好“钱从哪里来”问题。运河综合保护预算总投资几百亿元，仅靠政府投资肯定难以为继。
据了解，到目前为止，除市财政提供少量启动资金以外，运河综合保护已投入的近百亿元资金均由市运河集团和相关城区通过推进运河区块的“退二进三”、置换企业用地等市场化手段来自行筹措，并基本做到了自求平衡。
楼炳文说，目前杭州市制定的运河综合保护二期工程计划已经启动，杭州市准备用4年时间（2007年至2010年），实施水体治理、文化旅游、绿化景观、路网完善、民居建设、土地整理等六项工程，突出水质改善、古建筑保护、企业搬迁、景观整合、“城中村”改造“五个重点”，进一步推进运河保护。
杭州市书记王国平不久前也公开表示，“实践充分证明，运河综合保护工程是一项还河于民的‘民心工程’、保护环境的‘生态工程’、传承历史的‘文脉工程’、提升城市品位的‘竞争力工程’。”
